呼加璐


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基本信息 The basic information

呼加璐

计算机学院

博士研究生毕业

博士

副教授

教育经历 Education Experience

2004年-2008年  西安电子科技大学计算机学院                  学士

2008年-2010年  西安电子科技大学计算机学院                  硕士

2010年-2014年  德国柏林自由大学计算机与数学学院       博士

2015年-2016年  美国俄勒冈州立大学                                 博士后

工作经历 Work Experience

西北工业大学计算机学院  副教授

招生信息 Admission Information

常年招收对生物信息学(Bioinformatics)、数据挖掘(Data mining)、机器学习(machine learning)有科研热情的本科生、硕士研究生参与我的科研项目,欢迎感兴趣的同学与我联系(jhu[at]nwpu.edu.cn),实验室主页:www.nwpu-bioinformatics.com

1)主要目的是:培养学生的科研能力,为将来他们参与科研活动打下良好的基础。科研能力包括:文献阅读能力、数学建模能力、计算机编程能力、学术沟通表达能力、团队合作能力;

2)科研奖励:对于在科研项目中表现优异的同学,我们提供科研奖励;

3)优先招收有特长、有想法的学生,为这些学生提供平台、提供资金,如果需要,可以增配科研助手帮助完成;

3)优先招收有以下两种以上编程经验的学生:C++、R、python、perl、Java、html、javascript、PHP、css、MYSQL、Shell语言。


指导过的本科生:

Khiem Lam本科生 美国俄勒冈州立大学大二本科生,经过一学期的科研训练,研究微生物对癌症的影响,获得学校5000美金的科研奖励;

高轶群硕士生,经过一学期的本科毕设,完成了西北工业大学数据挖掘与生物信息学实验室的网站开发,获得优秀本科毕设称号,研一在国际知名期刊《BMC Systems Biology》上发表SCI 2区文章一篇。

郑琰博士生,该同学已经被直接录取为博士生,开发了水稻基因组转座子的查询工具,在CCF B类会议发表一篇文章,在《BMC Medical Genomics》上发表SCI 3区文章一篇,去美国参加国际会议一次。

何军豪,开发蛋白质相互作用网络的比对软件, 在《BMC Genomics》上发表SCI 2区文章一次。


科学研究 Scientific Research

数据挖掘基础与应用

  1、数据挖掘、机器学习理论与方法

  2、图挖掘技术及社交网络数据分析

  3、文本挖掘方法

生物数据分析及在疾病中的应用

  1、生物数据网络建模与高效分析算法

  2、癌症疾病中模式挖掘与分析方法

  3、基因组转座子分析方法

图论及其算法的应用

  1、图同构算法

  2、复杂网络拓扑结构特征分析

  

学术成果 Academic Achievements

最近更新于2019年3月27日

[18] Jialu Hu, Jingru Wang, Xuequn Shang, MD-SVM: A novel SVM-based algorithm for the motif discovery of transcription factor binding sites, BMC Systems Biology, (2019), 20(7)

[17] Jialu Hu, Yan Zheng, and Xuequn Shang, MiteFinderII: A novel tool to identify miniature inverted-repeat transposable elementshidden in eukaryotic genomes, BMC Medical Genomics (2018), 11(5):101

[16] Jialu Hu, Yiqun Gao, Xuequn Shang, KF-finder: Identification of key factors from host-microbial networks in cervical cancer, BMC Systems Biology (2018) ,12(4):54

[15] Jialu Hu, Yiqun Gao, Junhao He, Yan Zheng and Xuequn Shang, WebNetCoffee: a web-based application to identify functionally conserved proteins from multiple PPI networks,BMC Bioinformatics (2018), 19(1):422 

[14] Hu J., He J., Gao Y., Zheng Y., Shang X. NetCoffee2: A Novel Global Alignment Algorithm for Multiple PPI Networks Based on Graph Feature Vectors. In: Huang DS., Jo KH., Zhang XL. (eds) Intelligent Computing Theories and Application. ICIC 2018. Lecture Notes in Computer Science, vol 10955. pp 241-246, Springer, Cham

[13] Jialu Hu, Yan Zheng, and Xuequn Shang. MiteFinder: A fast approach to identify miniature inverted-repeat transposable elements on a genome-wide scale. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM2017), Kansas city, Nov. 13-16, 2017:164-168

[12] Jialu Hu, Xuequn Shang, Detection of Network Motif Based on A Novel Graph Canonization Algorithm from Transcriptional Regulation Networks, Molecules(2017), 22(12),2194

[11] Khiem Lam, Dariia Vyshenska, Jialu Hu el ta. Transkingdom network reveals bacterial players associated with cervical cancer gene expression program, PEERJ, 2018, 6:e5590, doi:10.7717/peerj.5590

[10] Danelishvili, L and Shulzhenko, N and Jjj, Chinison and Babrak, L and Hu, J. and Morgun, A and Burrows, G and Bermudez, L. E., "Mycobacterium tuberculosis proteome response to anti-tuberculosis compounds reveals metabolic "escape" pathways that prolong bacterial survival", Antimicrobial Agents & Chemotherapy, 2017.  

[9] Jialu Hu, Birte Kehr and Knut Reinert, NetCoffee: a fast and accurate global alignment approach to identify functionally conserved proteins in multiple networks, Bioinformatics (2014) 30 (4): 540-548, doi: 10.1093 /bioinformatics / btt715 IF=7.307

[7] Jialu Hu and Knut Reinert, LocalAli: an evolutionary-based local alignment approach to identify functionally conserved modules in multiple networks, Bioinformatics (2015) 31 (3): 363-372, doi:10.1093/bioinformatics/btu652 IF=7.307

[6] Jialu Hu, Birte Kehr, and Knut Reinert, M-NetAligner: a novel global alignment approach to identify functional orthologs in multiple networks, 17th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2013, Beijing, Apr 7-10, 2013, P207

[5] Jiajie Peng, Qianqian Li, Bolin Chen, Jialu Hu, Xuequn Shang, Analyzing factors involved in the HPO-based semantic similarity calculation, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016, Shenzhen, Dec, DOI: 10.1109/BIBM.2016.7822766

[4] Jialu Hu, Khiem Lam, Xiaoxi Dong, Heidi Lyng, Natalia Shulzhenko, and Andrey Morgun, Identification of bacterial pathogens from host-microbe interaction networks, CGRB fall conference, Corvallis, Sep 18, 2015

[3] Khiem Lam, Jialu Hu, Xiaoxi Dong, Heidi Lyng, Natalia Shulzhenko, and Andrey Morgun, The Microbiome of Cervical Cancer, Microbiome of cervical cancer, Symposium on Host-Microbe Systems Biology: Synthesis and Selection of Host-Microbe Systems, Eugen, July 31-August 2, 2015 

[2] Jialu Hu, Lin Gao, and Guimin Qin, Evaluation of subgraph searching algorithms detecting network motif in biological networks, Frontiers of Computer Science in China (2009) 3(3):412-416 

[1] Qin Gui-min,Hu Jia-lu,Gao Lin,A review on algorithms for network motif discovery in biological networks,Chinese Journal of Electronics(2009)37(10):2258-2265